Im Gegensatz zur Quellseitige Deduplizierung wird die Zielseitige Deduplizierung auf der Ebene des Backup-Speichergeräts angewandt, wo die empfangenen Daten nach der Übertragung von der Quelle, aber vor dem endgültigen Schreiben auf das Speichermedium analysiert und dupliziert werden.
Das bedeutet, dass die Daten in ihrer Gesamtheit über das Netzwerk übertragen werden, bevor sie auf die Beseitigung von Redundanzen hin optimiert werden, wodurch der für Backups benötigte Speicherplatz erheblich reduziert wird.
Zwar ist dieser Ansatz besonders effektiv in Umgebungen, in denen die Optimierung des Speicherplatzes kritisch ist, doch benötigt er natürlich mehr Netzwerkbandbreite als die quellseitige Deduplizierung.